Als onderdeel van de CUP-aanvraag moeten fabrikanten ook een behandelprotocol indienen. In het behandelprotocol staan aanbevelingen voor beroepsbeoefenaren in de gezondheidszorg over hoe ze het geneesmiddel veilig en effectief moeten toedienen en gebruiken. Hierin staat relevante informatie over de klinische, farmacologische en farmaceutische eigenschappen van het geneesmiddel.
Ook staat er informatie in over de voorwaarden voor patiëntmonitoring, het werkingsmechanisme, effectiviteit, belangrijke interacties, waarschuwingen, bijwerkingen, dosering, speciale populaties, in- en exclusiecriteria en behandelingsduur. De behandelend arts krijgt dit protocol binnen het programma.